La région de Souss Massa est une vaste plaine fertile ponctuée à la lisière de deux vallées fluviales. Cette zone bioclimatique présente un intérêt du point de vue botanique et environnemental. Cette situation de regroupement des deux régions méditerranéenne et saharienne, lui vaut de posséder des espèces originaires des deux climats. Certaines de ces espèces sont rares voire menacées qui ne profilèrent plus au-delà de cette frontière naturelle. En raison des conditions environnementales particulières, la flore a parfois dû s'adapter, évoluer et au fil du temps, se différencier du reste. On recense ainsi dans la région une cinquantaine de plantes endémiques.
Le territoire abrite également trois parcs nationaux, en l´occurrence le Parc National Souss-Massa (en intégralité), le Parc National Toubkal (environ 1/3 de sa superficie), et le Parc National d´Iriqui (environ ½ de sa superficie).
La Région du Souss Massa présente des écosystèmes très variés, propices à la présence d'une grande diversité d'espèces animales du fait de sa situation géographique, des variations altitudinales et climatiques observées. La faune des parcs nationaux de la région compte plus de 24 mammifères et 26 espèces de reptiles et amphibiens.
C'est dans ces zones montagneuses que l'on trouve des prédateurs comme le chat sauvage d'Afrique (Felix lybica), aujourd'hui très rare, et le chacal (Canis aureus), qui est l'authentique loup africain, mais aussi un grand nombre d'oiseaux forestiers et de montagne, sans oublier un large éventail d'amphibiens et de reptiles.
Au sud de l'Anti-Atlas, les reptiles existent en abondance, en particulier des agames (Agama impalearis), des lézards et des geckos diurnes appartenant à plusieurs espèces. Les zones sablonneuses et les plaines pierreuses sont le refuge d'un grand nombre d'espèces de vipères et de couleuvres, dont certaines sont très rares et endémiques du nord-ouest de l'Afrique.
Dans les zones moins peuplées et moins fréquentées par l'homme, on trouve encore des gazelles sauvages, comme la gazelle de Cuvier (Gazella cuvieri), des porcs-épics (Hystrix cristata) et des prédateurs comme le chacal. L'écureuil de Barbarie (Atlantoxurus getulus) vit en grand nombre dans l'Anti-Atlas. Ses populations réparties dans l'ensemble des montagnes de la région.
Certains prédateurs survivent encore dans la région le cas de la mangouste ichneumon (Herpestes ichneumon), de la genette (Genetta genetta), du renard roux (Vulpes vulpes) et des sangliers européens (Sus scropha).
En longeant les berges des oueds, survie les dernières loutres (Lutra lutra) de la région. Ce milieu abrite par ailleurs d’enivrant 270 espèces d'oiseaux, aussi bien sédentaires que migrateurs. Après un long voyage en provenance du nord, Grives, Flamants roses, Fauvettes, Spatule blanche, Avocette, Sarcelles marbrée, Grand cormoran et autres pouillots véloces viennent en effet passer l'hiver dans les zones boisées de Souss Massa.
La présence et la nidification des ibis chauves (Geronticus eremita) représente la principale raison motivant la création du parc National du Souss-Massa. Il abrite en effet trois des quatre seules colonies de cet oiseau au Maroc, soit 95 % de la population sauvage originelle de cette espèce et sans doute la seule génétiquement viable au monde.
Fort d´un capital floristique remarquable, le territoire referme un contraste de végétation relatif à trois grands écosystèmes : macraonésien, méditerranéen et présaharien. Il accueille, la Réserve de Biosphère de l’Arganeraie (RBA). Le territoire de Souss- Massa se caractérise par une diversité floristique comprenant presque le 1/3 de la flore totale du pays et un endémisme très marqué.
A l´échelle du territoire, la superficie forestière totale est estimée à plus de 1,5 million hectare regroupant Arganier, Genévriers, Pin et Chêne verts. Près 801 810 hectare est nettement occupée par l’arganier dans un état plus ou moins pur, avec plusieurs faciès de mélange avec d’autres espèces forestières ou sur des terrains de culture comme essence principale.
L´arganier (Argania spinosa) représenté l´espèce la plus emblématique, ses forêts couvrent environ 57 % de la superficie totale du territoire et constituent un véritable rempart vert contre l´avancée du désert saharien.
Cette foret présente plus de la moitié des massifs forestiers et joue, en plus de sa fonction principale écologique, un rôle essentiellement socio-économique et socio-culturel indéniable autant que pilier substantiel de l´économie locale pour la population usagère, notamment les femmes rurales. L’essence la plus originale de l’Afrique du Nord est considéré comme la « providence du Souss ».
La RBA (ou forêt d’arganier) fait partie de l’écosystème qui rassemble les zones méditerranéennes au sud-ouest et le Sahara marocain. Déclarée réserve de biosphère MAB (Man and the Biosphere Reserve) de l’UNESCO depuis 1998, vu sa contribution à garantir la diversité et la continuité de la vie de floristique, faunistique et humaine. Actuellement, sa renommée dépasse les frontières grâce aux bienfaits qui sont attribués à l'huile d'argan.
Dans cette contrée, un groupe isolé de dragonniers (Dracaena draco) a été découvert, appelés localement Ajgal et connus dans le monde entier sous le nom de dragonniers de l'Atlas. De petits bois de dragonniers assortis d'espèces méditerranéennes comme le chêne vert, le laurier et l’olivier s'accrochent aux flancs des vallées du bassin de l'Oumarhouz, dans la partie Est de l'Anti-Atlas.
L'influence du Sahara tout proche est très marquée au sud de l'oued Massa, où prédominent les terrains sablonneux peuplés d'une végétation steppique, faite d'espèces arbustives ligneuses de petite taille et de genêts. Dans certaines zones sablonneuses, les dunes ont été stabilisées par la plantation clairsemée d'espèces introduites par l'homme, comme l'eucalyptus et l'acacia, à proximité de terres agricoles utilisées pour des cultures saisonnières à faible rendement.
